סירופ תירס עתיר פרוקטוז וסוכר מזוקק שונים באופן משמעותי בהרכב, יישומים ותכונות בריאותיות. סירופ תירס עתיר פרוקטוז (המכיל 40-55% גלוקוז ו-42-55% פרוקטוז) עשוי מחומרים צמחיים שעברו הידרוליזה. יש לו מסיסות גבוהה (גדולה או שווה ל-78% ב-20 מעלות) ותכונות לחות (פעילות מים 0.6-0.7), מה שהופך אותו מתאים למשקאות (משפר את המתיקות הנתפסת ב-20-30%) ולאפייה (מאריך את חיי המדף ב-2-3 ימים). תכולת הקלוריות שלו היא 260 קק"ל/100 גרם, נמוכה ב-32.8% מסוכר מזוקק (387 קק"ל/100 גרם), מה שהופך אותו למתאים יותר לפיתוח מזון בריאות. לסוכר מזוקק (טוהר סוכרוז גדול מ-99.7%) יש גבישיות גבוהה ומקדם את תגובת Maillard במהלך האפייה (טמפרטורת השחמה 150-180 מעלות), אך יש לו היגרוסקופיות חלשה (פעילות מים 0.3-0.4).
